Το Πανεπιστημιακό Ερευνητικό Κέντρο (Π.Ε.Κ.) του Ιονίου Πανεπιστημίου ιδρύθηκε το 2018 και μετονομάσθηκε σε Πανεπιστημιακό Κέντρο Έρευνας και Καινοτομίας (ΠΑ.Κ.Ε.Κ.) βάσει του άρθρου 462 του Ν. 4957/2022, και λειτουργεί ως διακριτή ακαδημαϊκή μονάδα. Αντικείμενο του ΠΑ.Κ.Ε.Κ. είναι η ανάπτυξη της βασικής, εφαρμοσμένης και διεπιστημονικού χαρακτήρα έρευνας στο πλαίσιο της Εθνικής Στρατηγικής Έρευνας, Τεχνολογικής Ανάπτυξης και Καινοτομίας και της Εθνικής Στρατηγικής Έξυπνης Εξειδίκευσης, η προαγωγή της διεπιστημονικής γνώσης, της τεχνολογίας και της καινοτομίας, η ανάπτυξη των γραμμάτων και των τεχνών, η διασφάλιση αποτελεσματικής αλληλεπίδρασης μεταξύ της εκπαίδευσης και της έρευνας, η κατάρτιση και αξιοποίηση ερευνητικού δυναμικού, καθώς και η ικανοποίηση των εκπαιδευτικών, ερευνητικών, κοινωνικών, πολιτιστικών και αναπτυξιακών αναγκών της χώρας και η συμβολή στην οικονομική ανάπτυξη σε τοπικό, εθνικό, ευρωπαϊκό και διεθνές επίπεδο.

Το Πανεπιστημιακό Κέντρο Έρευνας και Καινοτομίας του Ι.Π. διοικείται από πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο.