Η μελέτη του ιστορικού των πρώτων προϊστορικών ανασκαφών στη Θηρασία του δέκατου ένατου αιώνα, που πραγματοποιήθηκαν στο πλαίσιο του επιστημονικού ενδιαφέροντος της εποχής για τις ηφαιστειακές εκρήξεις της Σαντορίνης, οδήγησαν στη συστηματική αρχαιολογική έρευνα της νήσου Θηρασίας από το 2007 και εξής. Η εντατική αρχαιολογική έρευνα επιφανείας, η γεωλογική έρευνα για τη μελέτη της γεωλογικής δομής και παλαιοτοπογραφίας της Θηρασίας καθώς και η διεξαγωγή γεωφυσικών διασκοπήσεων, σε συνδυασμό με την υπό εξέλιξη ανασκαφή στον προϊστορικό οικισμό στη θέση Παναγιά Κοίμηση, στο νότιο άκρο της σημερινής Θηρασίας, δημιούργησαν τις προϋποθέσεις για τη συνολικότερη προσέγγιση του αρχαιολογικού τοπίου της νήσου.

Η αρχαιολογική έρευνα της Προϊστορικής Θηρασίας διεξάγεται από το Τμήμα Ιστορίας του Ιονίου Πανεπιστημίου και τον Τομέα Ιστορίας-Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης, σε συνεργασία με την Εφορεία Κυκλάδων. Εντάσσεται στο πλαίσιο εγκεκριμένου προγράμματος έρευνας (2014-2022), υπό τη διεύθυνση του αναπληρωτή Καθηγητή του Ιονίου Πανεπιστημίου Κ. Σμπόνια, της ομότιμης καθηγήτριας του Πανεπιστημίου Κρήτης κ. Ι. Τζαχίλη και της αρχαιολόγου της Εφορείας Κυκλάδων Μ. Ευσταθίου.

Η ευρύτερη εθνοϊστορική, αρχιτεκτονική, γεωλογική και αρχαιολογική έρευνα της Θηρασίας πραγματοποιήθηκε στο πλαίσιο του προγράμματος «Διαχρονικοί νησιωτικοί πολιτισμοί: η περίπτωση της Θηρασίας» (http://therasiaproject.web.auth.gr), που εντάχθηκε σε ερευνητικό πρόγραμμα ΘΑΛΗΣ του Α.Π.Θ., με επί μέρους ερευνητικές ομάδες στο Τμήμα Αρχιτεκτόνων του Α.Π.Θ., στο Ιόνιο Πανεπιστήμιο, στο Παν/μιο Κρήτης και στο Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών (Ι.Τ.Ε.). Στην έρευνα επιφανείας, που αποτέλεσε τον πυρήνα της αρχαιολογικής έρευνας στο διάστημα 2007-2011, προστέθηκε στο πλαίσιο του προγράμματος ΘΑΛΗΣ η γεωφυσική και γεωλογική έρευνα της νήσου και από το 2014 η συστηματική ανασκαφή σε επιλεγμένες προϊστορικές θέσεις της Θηρασίας.